Os conflitos na região, porém, remontam aos séculos XII e XV, quando chegaram ao local grupos de hútus e tútsis, qu conviveram ali durante muito tempo. Os Tútsis criavam gado, os hútus eram agricultores.
Sob o domínio belga, os tútsis, que correspondiam a cerca de 15% da população, foram escolhidos pelo poder colonial para "governar" o país. A maioria hútu (cerca de 85%) ficou excluída do processo social e econômico. Como não poderia deixar de ser, os hútus passaram a defender um governo que representasse os seus interesses. Em 1959, os agricultores hútus rebelaram-se contra a monarquia tútsi apoiada pelos belgas e abriram caminho para separar Ruanda e Burundi. Em 1961, sob a liderança hútu, Ruanda ganharia status de República, e, no ano seguinte, a Bélgica reconheceria sua independência. Perseguidos, os tútsis procuraram abrigo nos países vizinhos. Por sua vez, Burundi também se tornou independente nesse ano, sob monarquia tútsi.
Entretanto, a paz não foi alcançada. Em 1963, tútsis exilados no Burundi organizaram um exército e voltaram para Ruanda, sendo massacrados pelos hútus. Outros massacres sucederam-se até que, em 1973, um golpe de EStado levou ao poder, em Ruanda, o coronel Juvénal Habyarimana, de etnia hútu. Apesar dos conflitos persistirem, pode-se afirmar que, nas duas décadas seguintes, houve certa trégua.
Em 1993. o governo de Ruanda, lederado pelos hútus, assinou um acordo de paz com aliderança tútsi, pelo qual os refugiados poderiam voltar ao pais e participar do governo. Em abril do ano seguinte, retornando de uma conferência na Tanzânia, os presidentes hútus de Ruanada e de Burundi foram vítimas de um acidente aéreo. A morte desses líderes desencadeou a volta dos massacres.
No Burundi, apesar da condição de minoria étnica, os tútsis detinham o controle do Exército e deram um golpe de Estado em 1996, quando nomearam presidente um major dessa etnia. Além disso, obrigaram grande massa de hútus a viver na condição de refugiados nos chamados "campos de reagrupamento", que reúnem cerca de 10% da população (cerca de 800 mil pessoas), segundo dados da organização não governamental Anistia Internacional. Outros 700 mil refugiados vivem fora das fronteirs do país, mais precisamente em países limítrofes, como Tanzânia e Uganda, criando sérios problemas para os dois governos, que não têm condições de garantir ajuda humanitári a essa população.
Em Ruanda, onde a violência não tem sido menor, calcula-se que 13% da população tenha morrido na guerra desencadeada em 1994 pelos hútus, sendo 90% desse total integrantes da minoria tútsi, segundo dados da ONU.